Большим испытанием для советского народа стала Великая Отечественная война, которая внесла значительные коррективы в развитие метрологии и стандартизации. Изменения произошли по всей стране, коснулись они и деятельности Бурятского ЦСМ.
В начале Великой Отечественной Войны в штат ФБУ «Бурятский ЦСМ», в то время это было Республиканское отделение (лаборатория 3 класса) при Иркутском Управлении мер и весов, входило всего два человека. В Бурятии с начала 1923 года насчитывалось всего лишь 15 предприятий крупной промышленности (в республиканском масштабе). Силами сотрудников лаборатории поверялось 13 тысяч мер и измерительных приборов. В 1941 году выросло число предприятий, их стало 261. Были созданы новые отрасли промышленности – машиностроительная, судостроительная, цветных металлов, угольная, строительных материалов, лесная и др.
Начало ВОВ поставило перед промышленностью республики исключительно трудные задачи: в кратчайшие сроки, сообразно с потребностями военного времени, развернуть производство новых видов продукции оборонного значения, увеличить выпуск прежних, максимально использовать ресурсы Бурятии, изыскать необходимые сырьевые материалы. В связи с этим рос объем производимых поверочных работ, расширялся диапазон поверок, и в 1944 году в Бурятии было открыто свое Республиканское отделение Комитета по делам мер и измерительных приборов (Уполкоммерприбор) при СНК БМАССР. Штат вырос и первым руководителем был назначен Зайцев Нил Филиппович – уполномоченный Уполкоммерприбора при СНК БМАССР.
Период военного времени обозначил важность стандартизации оборудования и приемов в производстве. Это дало толчок дальнейшему развитию стандартизации и метрологии как науки. Прогресс был обеспечен колоссальным опытом, полученным в тяжелейших условиях военного времени.
Роль, которую сыграла стандартизация и метрология при создании образцов вооружения и военной техники для Красной Армии в те годы, трудно переоценить. Стандартизация продемонстрировала свою значимость и прогрессивность в обеспечении потребностей фронта и тыла всем необходимым. Метрологи в экстремальных условиях выполнили свою основную задачу – обеспечение единства измерений в стране, что сыграло особую роль в становлении оборонной промышленности, перебазированной на Восток.